На накопителе ВЭПП-3 установлены две ускоряющие системы: на 2-ой и на 18-ой гармониках частоты обращения. Стандартная частота обращения f0 = 4030.0 кГц.

    ВЧ - система на 2-ой гармонике работает во время инжекции (Е = 350 МэВ), позволяя накапливать пучок в один или два сгустка, и во время ускорения до энергии 600 МэВ. Затем включается система на 18-ой гармонике, работающая при продолжении ускорения, во время выпуска пучка при проведении экспериментов.

•  Частота : f₈ =8.06 МГц.
• Резонатор с сосредоточенными ёмкостями, воздушный; расположен во 2-ом промежутке, между линзами 2F2 и 2D3. По оси резонатора проходит керамическая трубка, составляющая часть вакуумной камеры накопителя; выше проходит керамическая трубка канала выпуска пучка.
• Генератор - "Базальт-50" на лампах, максимальной мощностью W₈ =20 КВт.
• Подвод мощности к резонатору - по кабелю .

• Частота : f₇₂ =72.54 МГц.
• Резонатор с распределенными параметрами, вакуумный; расположен во 2-ом промежутке, между линзами 2F6 и 2D7.
• Генератор - "Базальт-150" на лампах , максимальной мощностью W₇₂ =120 КВт.
• Подвод мощности к резонатору - по коаксиальному фидеру.
• Смещение резонатора - 7 КВ (управление - 7 эт. р/с 14).
• Перестройка 5-той гармоники (20 МГц): управление - сервоусилитель (СУ) на 4 эт. р/с 14; наблюдение по стрелочному прибору на блоке управления СУ (6 эт. р/с 14).
• Перестройка высших гармоник: блок перестройки гармоник (3-ий этаж р/с 14 в радиопультовой).
• Перестройка 3-го каскада генератора "Базальт-150" для борьбы с фазовыми колебаниями. Управление и наблюдение по стрелочным приборам: на главном пульте (), в радиопультовой (р/с ....) и на местном пульте управления "Базальт-150"; есть также управление от ЭВМ.