Ускоряющая ВЧ система ВЭПП-4М работает на 222-ой гармонике частоты обращения (см. таблицу параметров). Для ускорения пучка до энергии 6 ГэВ и компенсации потерь энергии на синхротронное излучение по проекту в ВЭПП-4М должно быть 6 резонаторов, в настоящее время установлены 5. Резонаторы оснащены дистанционно управляемыми механизмами перестройки высших гармоник.
Генератор ВЧ мощности работает на лампах ГУ101А. Выходной каскад генератора мощностью 1 МВт должен состоять из 2-х линеек по 5 модулей каждый. Мощность обеих линеек складывается в волноводе.
Для повышения стабильности частоты ВЧ разработан, изготовлен и установлен на комплексе новый задающий генератор высокой частоты с подключением к внешнему стандарту частоты. Проведенные измерения частоты ВЧ с новым генератором показали, что нестабильность частоты ВЧ в течение суток близка к пределу по разрешению измерительной аппаратуры и составляет не более чем ±2 Гц, что соответствует нестабильности частоты обращения пучка около ±0.009 Гц.
Проектные параметры ВЧ системы приведены в таблице:| Частота ВЧ системы | 181.10165 МГц |
| Частота обращения | 818.924 кГц |
| Гармоника | 222 |
| Максимальная энергия | 6.0 ГэВ |
| Потери энергии за оборот | 3.59 МэВ |
| Ток пучка | 4 x 30 mA |
| Среднеквадратичная длина пучка (Е=6.0 ГэВ) | 7.2 см |
| Потери мощности на СИ (Е=6.0 ГэВ, I=120 mA) | 430 кВт |
| Коэффициент повышения напряжения ВЧ из-за квантовых флуктуаций (Е=6.0 ГэВ) | 1.61 |
| Количество резонаторов | 6 |
| Коэффициент пролетного времени резонатора | 0.82 |
| Шунтовое сопротивление одного резонатора | 10 МОм |
| Максимальная мощность, поступающая в 1 резонатор | 141 кВт |
| Суммарное ускоряющее напряжение | 5.8 МВ |
| Суммарное напряжение на зазорах резонаторов | 7.05 МВ |
| Тепловые потери в 6 резонаторах | 415 кВт |
| Суммарная мощность ВЧ | 845 кВт |